Der Sadebaum ist in allen Teilen giftig. Verantwortlicher Hauptwirkstoff ist das ätherische Sadebaumöl. Im Vergleich zum Öl des Gemeinen Wacholders (Juniperus communis) enthält es weit mehr Ester, hat einen höheren Acetyl Gehalt und ist rechtsdrehend. Das Sadebaumöl enthält vor allem ?-Pinen und Cadinen aber auch bis zu 50 Prozent Sabinen, 35 % Sabinyl Acetat, sowie Sabinol und Diacetyl.
Es greift beim Menschen die Magenschleimhaut an, verursacht Blutandrang in den Nieren und damit Hämaturie. Auch andere innere Organe werden angegriffen. Bei Frauen kann das Öl Menorrhagie auslösen und zu Fehlgeburten führen. Daher wurden die Früchte im Mittelalter auch gezielt zur Abtreibung genutzt. In der Vergangenheit sind immer wieder Wacholderbeeren, die mit Sadebaumbeeren verunreinigt waren, zum Aromatisieren von Gin verwendet worden. Zumindest in Spanien werden Wacholderbeeren deswegen staatlich untersucht.
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